Keskiajalla vapaamuurarien järjestys oli hyvin yleinen, se koostui edistyneimmistä mielisistä, jotka johtivat yhteiskuntaa XVII vuosisadalla: Bockle, Bacon, Leibniz, Jan Comenius, kuninkaallisen veren kasvot. Vapaamuurarien tarkoituksena on heidän lausuntojensa mukaan kantaa ja säilyttää henkisiä siunauksia koko ihmiskunnalle. Nykyään tämä järjestys koostuu myös tuhansista ihmisistä. Tämän yhteisön tunnusmerkki oli vapaamuurarien salaisuuksia.
Muutos vapaamuurarien työjärjestyksessä tapahtui vuonna 1717, kun vapaamuurarista tuli "spekulatiivinen" (tai "filosofinen"). Kaikkia veljeskunnan jäseniä käskettiin pitämään tietyt sanat, kyltit ja kädenpuristus salaisina, heidän täytyi kunnioittaa niitä ja pidättäytyä osoittamasta niitä julkisesti. Ajan myötä salaperäisyydestä tuli olennainen osa kulttia, ja huolimatta monien salaisuuksien julkaisemisesta vuonna 1730 vapaamuurarit eivät lopettaneet kunnioittavansa peruskirjaansa.
Yksi vapaamuurarien pääsalaisuuksista oli epätavallinen ja erittäin monimutkainen seremonia uusien jäsenten vastaanottamiseksi yhteiskuntaan (laatikko). Silmät silmät "profaani" vietiin tiettyyn paikkaan, johon loput laatikon jäsenet olivat jo kokoontuneet. Astuessaan merkittyihin merkkeihin (niiden merkitys paljastettiin vasta tilauksen antamisen jälkeen), hän lukee juhlallisesti valan tekstin. Petoksessa tai salaisuuksien paljastamisessa hän petti sielunsa iankaikkiseen kirotukseen ja ruumiinsa - kuoleman veljiensä miekalta. Uudelle jäsenelle on annettu valkoinen nahkainen esiliina, vapaamuurarien veljeyden symboli, miesten käsineet ja hopealaatta - tästä lähtien häntä kehotetaan "rakentamaan ihmiskunnan suuri temppeli".
Eri loosien yhteydessä seremonia voi olla hiukan erilainen - hyväksytyille jäsenille annettiin salaisia merkkejä, salaisia sanoja, hahmoja, tehtiin tatuointeja, jotka muut vapaamuurarit pystyivät tunnistamaan. Vielä salaisempi ja vähän tunnetuin oli aloitusseremonia korkeammalle tasolle - vapaamuurariuden hierarkkisilla tikkauksilla oli yleensä 33 askelmaa.
Vapaamuurarien järjestyksen periaate perustuu salaisuuteen. Nykyaikainen vapaamuurarius pitää itseään tarpeeksi vahvana, joten ei näe salaliiton tarvetta, mutta yleinen tietoisuus ei voi kattaa piilotettua vapaamuurariutta. Lupanneen olla hiljaa laatikkoon tulon seremoniassa, laatikon jäsen on nyt velvollinen täyttämään kaikki korkeampien jäsenten ohjeet.
Opiskelijalla ei ole aavistustakaan toverin työstä, joka puolestaan ei tiedä mitään mestarin tavoitteista ja työstä. Opiskelijat tuntevat vain muutamat ruudun jäsenet, loput heille eivät ole tiedossa. Samoin mestari tuntee välittömän esimiehensä, eikä tuntea loput (vaikka kenties he asuvat hänen vieressä). Tällainen salainen yhteiskuntajärjestelmä toimii kaikilla hierarkian tasoilla. Ylhäältä annettu käsky toteutetaan epäsuorasti ja salaa.
Alemmalla portaalla olevat vapaamuurarit pelaavat vain esiintyjiä. Pääsalaisuudet piilotetaan pyramidin yläosassa - vain vapaamuurarien tapetit ja prinssit tuntevat heidät. Vain ne määrittävät tilauksen todelliset tavoitteet - ja hallitsevat kaikkia muita. Pyhä tieto oli piilotettu niin huolellisesti ympäröiviltä, että monia menneiden vuosisatojen mysteerejä on nyt mahdotonta löytää.
